歌仔戏在抗日战争之前已风靡全闽南，到了抗日战争暴发之后，台湾沦陷，海峡两岸隔绝，大陆的歌仔戏被国民党当局诬为亡国调，遭到禁演的厄运。同时期在台湾进境内的歌仔戏也被日本侵略者禁演。大陆子弟戏以邰江海、林文祥为主要的艺人对歌仔戏主要唱腔的源头----锦歌旋律中吸收新素材，创作新腔《杂碎调》取代原来的台湾歌仔戏传人的唱腔，首演《六月雪》获得成功。这种新的演示形成的唱腔以《杂碎调》为主，也吸收一些新民歌、电影歌曲、其它剧种的音乐，对原来台湾歌仔戏音乐进行改良，这阶段的歌仔戏在闽南俗称为改良戏。

抗日战争胜利后，海峡两岸交流复通，1948年南靖县都马抗建剧团去台湾演出，带去了新改良的《杂碎调》与台湾观众见面，由于《杂碎调》取材于锦歌，台湾听众对这新颖、似熟非熟的优美旋律特别赞赏，所有台湾本岛的歌仔戏剧团都争学这个新曲调，由于是都马剧团带去的曲调，台湾艺人、听众就美其名曰称其为《都马调》并一直流传到现在。1949年10月以后，海峡两岸再次隔绝，都马剧团就此留在台湾。无独有偶1948年台湾霓生社歌仔戏剧团到厦门做商业演出，也留在大陆没有回去，她给大陆改良戏带来一些台湾歌仔戏演唱风格。从此后，这朵由海峡两岸人民其同栽培的艺术奇葩在两岸不同的政治、生活的土壤中各自开放。

在台湾，职仔戏发展成野台歌仔戏、内台歌仔戏、广播歌仔戏、电影歌仔戏、电视歌仔戏等形式，涌现出一批优秀的歌仔戏演员廖琼枝、杨丽花、叶青等，对推动歌仔戏的发展做出贡献。由于受到西方各种文艺原侵蚀，歌仔戏艺术不大景气，近年来台湾有识之士提出要重振歌仔戏，并排练演出精彩歌仔戏。1995年还邀请大陆歌仔戏创作人员参加台湾歌仔戏的二度创作，对海峡两岸歌仔戏艺术的交流做了有益的探讨。解放后在大陆的歌仔戏经历了“改戏、改制、改人”的戏曲改革，革除旧戏的封建糟粕以及舞台上的丑恶、猥亵、野蛮、恐怖的表演，搜集整理了优秀传统剧目，团结教育改造了旧艺人，出现了歌仔戏辉煌、繁荣时期，出了好剧目，如《三家福》、《碧水赞》等，《三家福》曾获1954年华东区戏曲观摩会演出二等剧本奖；《碧水赞》与样板戏《龙江颂》同系姐妹篇，名扬全国。由于歌仔戏在大陆主要流行于漳州的芗江流域，1952年被命名为芗剧。这些年漳州的芗剧界艺术工作者不断地为提高艺术质量做不懈的努力，曾4次晋京献演。1976年移植样板戏《龙江颂》选场、1979年《双剑春》、1995年《侨乡轶事》、1998年《保婴记》。1991年梦剧《戏魂》赴扬州参加全国戏曲现代戏观摩演出，获剧本创作文华奖，主要演员郑秀琴获文华表演奖。建国以来漳州芗剧也出了一大批好演员，比较突出有陈玛玲（台籍）、李少楼（台籍）、纪招治、姚九婴、张丹等，漳州芗剧团1983年赴新加坡演出，1995年赴台湾演出，还与台湾艺人同台演出。1995、l997年分别在台北、厦门举办两届海峡两岸歌仔戏学术研讨会，两岸学者对歌仔戏的历史、音乐、舞美、导演、剧本创作等问题共同探讨，使隔绝近半个世纪的一对并蒂莲重新开放在一起。

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