是年秋，左宗棠决心尽复南疆，遂以刘锦棠部为“主战”之军，以张曜部为“且战且防”之军，相继长驱西进。南疆各族人民久受阿古柏的荼毒，纷纷拿起武器配合清军作战。10月，刘锦棠部以破竹之势，驰骋2000余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。西四城叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、和阗（今和田）、喀什噶尔之敌益形孤立，内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云亦乘机反正。刘锦棠闻讯，立即挥军分路前进，于12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔。伯克·胡里、白彦虎等率残部逃入俄境。1878年1月2日，清军攻克和阗。至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。
　　
　　清军收复新疆战争的胜利，彻底粉碎了英俄企图利用阿古柏肢解和侵吞中国西北领土的阴谋。沙俄迫于阿古柏侵略势力已彻底失败、左宗棠正积极部署进军伊犁的形势，同意与清政府举行谈判。经过长期反复交涉，于1881年签订《中俄伊犁条约》。中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土（霍尔果斯河以西地区和北面的斋桑湖以东地区却被沙俄强行割去），从而使新疆各族人民免遭殖民统治，重回祖国怀抱。

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