1876~1878年间左宗棠指挥清军驱逐侵占新疆的阿古柏侵略军，维护祖国领土完整的战争。
　　

　　战争起因及双方作战部署 19世纪中叶，资本主义列强在世界范围内争夺殖民地的斗争加剧，英俄两国在中亚地区的角逐激化，对中国西部边疆安全构成直接威胁。1865年（清同治四年），中亚浩罕汗国（在今乌兹别克斯坦境）军事头目阿古柏在英国支持下，率兵侵入南疆，建立“哲德莎尔”伪政权，进而占领天山南北广大地区，实行殖民统治。清政府忙于镇压内地人民起义，无暇西顾。1871年，俄国又乘机出兵占领时为新疆军政中心的伊犁地区，加紧与英国争夺中国西北边陲。与此同时，中国东南、西南和南部边疆也面临列强侵略威胁，边疆危机日益严重。1875年（清光绪元年），清廷采纳左宗棠等人当务之急是出兵收复新疆的主张，任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。
　　
　　左宗棠根据新疆敌情及地理特点，制定了“先北后南”、“缓进急战”的战略方针。同时，筹运粮饷，整顿军队，改善武器装备，并编组了一支以道员刘锦棠部、都统金顺部、提督张曜部为主的作战部队，共约六七万人，委刘锦棠总理行营营务，加紧进行战争准备。
　　
　　1876年4月，左宗棠从甘肃省城兰州移驻肃州（今酒泉）。时已入新疆的张曜部屯哈密，金顺部屯巴里坤、古城（今奇台）一带。根据既定方针，左宗棠令刘锦棠率所部湘军分批出嘉峪关，经哈密前往巴里坤，会合金顺所部先取北路；命张曜部固守哈密，防敌由吐鲁番东犯。阿古柏得悉清军西进，即由阿克苏赶至托克逊部署防御：以白彦虎（投敌的原陕西回民起义军首领）、马人得（投敌的原新疆封建割据集团头目）等率部分守乌鲁木齐等北疆要地，阻击清军；以一部兵力防守胜金台、辟展（今鄯善）一线；主力2万余人分守达坂、吐鲁番、托克逊，成犄角之势。
　　
　　收复北疆 1876年8月上旬，刘锦棠、金顺二部清军从阜康出发，采取声东击西的战法，避开供水困难的大道，走敌虽严密防守但水源充足的小道，出敌意外地迫近乌鲁木齐北面重地古牧地（今米泉）。扫清敌外围据点后，用大炮轰塌城墙，17日从缺口冲入城内，一举歼敌5000余人，并乘胜于18日收复乌鲁木齐。白彦虎、马人得等仓皇南逃。尔后，左宗棠命刘锦棠部驻守乌鲁木齐，防止阿古柏军北犯，并继续清剿山中残敌；命金顺挥军西进。昌吉、呼图壁及玛纳斯北城之敌闻风溃逃。9月初，金顺部开始攻玛纳斯南城，月余不克。后刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援会攻，于11月6日占领该城。至此，天山北路为阿古柏军占领之地全部收复。时临冬季，大雪封山，刘锦棠等就地筹粮整军，以待来年进军南疆。
　　
　　挺进南疆 1877年4月，左宗棠指挥清军三路并进：刘锦棠部自乌鲁木齐南下攻达坂；张曜部自哈密西进；记名提督徐占彪部出巴里坤，至盐池与张曜部会师，合攻辟展、吐鲁番。刘锦棠部奇袭包围达坂，19日破城，毙俘敌3000余人。随即分兵一部助攻吐鲁番，主力直捣托克逊，迫守敌海古拉（阿古柏次子）于4月下旬弃城西逃。与此同时，张、徐二部清军连克辟展、胜金台等地，吐鲁番守敌白彦虎望风西窜，马人得率部投降。至此，南疆门户洞开。阿古柏见大势已去，5月下旬于库尔勒气急暴病而死（一说绝望自杀，或谓被人毒死）。海古拉携其父尸西遁，由白彦虎防守喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地。阿古柏长子伯克·胡里在库车杀其弟海古拉，后于喀什噶尔（今喀什）称王，企图在英俄庇护下负隅顽抗。