鉴于刘承胤挟帝自重的前鉴，瞿式耜上书请永历帝到桂林。不过，瞿式耜这份担心纯属多余，李成栋对永历帝确实一份纯诚之心。他在肇庆修治宫殿，重建官署，修复城防，填充仪卫，使得“朝廷始有章纪”。1648年11月，永历帝驾临肇庆。

　　李成栋“贼”军出身，复与高杰为明军招安，接着又降清军，只见过隆武帝的尸身和那个登基才一个多月即成擒的绍武帝。现在奉永历为正朔，他还真没有足够的心理准备面见明朝新君。虽见进之前，他还向一帮儒臣宾客练习面君时的进退礼节和应对之语。“及见，上（永历）温颜接之，赐坐，慰问再四。”李成栋只是跪伏在地上浑身乱颤，没有一句答言，最后“叩头趋出”。

　　出殿后，他的参谋很奇怪他为何没有与皇上对话。李成栋回答说：“吾是武将出身，容止声音，虽禁抑内敛，犹觉勃勃高声，恐怕回言时惊动皇上，有失人臣礼节。”从前杀人如麻、嗜血成性的李将军，这一番真心剖白，真令我们刮目相看。不过这永历帝确实有人君之威仪。永历十六年（公元1662年）他最后被吴三桂抓住，关进监狱后，清军各级官将出于好奇参观这位爷，都不自觉地“或拜或叩首而退”。吴三桂本人前往，永历帝问“来人为谁？”吴三桂竟然双腿打晃，伏地不能起，“色如死灰，流汗浃背。”虽然其中有皇家嫡系、九五之尊的伦威所致，但他的堂皇仪表，大概也真有九五人君的样子。

　　为了表示对李成栋的尊宠，永历帝特敕拜李成栋大将军、大司马，并效刘邦拜韩信故事，封坛拜将，殊荣无比。为报知遇信赖之恩，李成栋马上返回广州，募兵治军，准备入江西声援金声桓等人，恢复大明江山。

　　在肇庆时，李成栋对永历宠臣马吉翔的权势已有所见，回到广州，出于耿耿忠心，他上疏永历帝，说：“恩威不出陛下而出旁门，匪人滥进，货贿公行……社稷存亡之大，非细故也，臣不敢不言。”马吉翔见此疏，深恨李成栋。不久，李成栋已经集结兵马准备北上南雄进入江西抗清，临行前想入肇庆与永历帝临别。马吉翔闻讯，连忙于宫中造谣，说李成栋想仪效董卓和朱温，可能趁入见时解散皇帝亲兵，以他的旧部替代，把皇上当傀儡。

　　由于李成栋昔日疯狂屠杀明军的表现仍历历在目，永历帝不能不疑。他派遣鸿胪卿吴侯去安抚李成栋，告诉他不必面君。李成栋一片赤诚，对此一无所知，直到他见到在朝中任官的义子李元胤，才知道自己被马吉翔冤枉的实情，他叹息说：“我初归附国家，诣阙面君是正常的礼节。此次出行，誓死岭北，只想与皇上辞别，交付公卿大臣后事，不想小人辈汹汹如此，恨吾不能剖心示诚，坐受无君之谤，徒以血肉付岭表耳！”行至三水，永历使臣驰至，仍敕其不得入朝。李成栋“望阙大恸”，从清远顺流而去，临行之时，他长叹道：“吾不及更下此峡矣！”

　　清军方面，在中原聚集满、蒙、汉大军数万人，一支军由孔有德、济尔哈朗指挥，逼向湖广。另一支军由谭泰、尚可喜、耿仲明率领，直扑江西南昌。1649年3月1日（永历三年），南陈圆圆像昌陷落，金声桓杀妻子，焚厩舍，自刎而死。王得仁与清兵巷战，死于战场。湖南的明将何腾蛟也被清军俘获，于湘潭就义。