海瑞在淳安任上两次进京，一路旧服素食，路费仅用银四十八两，其他一概裁革。他生活上不奢侈，“俸薪之外无所取”，“含辛茹苦，垂百之年，终不使廪有余粟，囊有赢金”。在南京任吏部尚书时，由于年高体弱，“尝病延医，入视室中，所御衾帱皆白布，萧然不啻如寒生”。他有一双旧鞋经过多次修补，仍然穿在脚上。老母过华诞，他仅买二斤肉为母祝寿，总督胡宗宪听后大为惊奇，把它作为新闻传播一阵。其清廉本色可见一斑。隆庆元年（1567）海瑞官至南京通政司右通政，后又升巡抚，所辖苏州、常州、镇江等十府。上任之初，他满以为应天地方是富饶的鱼米之乡，但后来发现江南“粮差”的繁重不仅为全国之冠，而且亘古未有，百姓穷苦得有无米下炊之虞。再加上这一时期江南又发生水灾，夏、秋频雨，田地被淹，粮米涨价，农民缺衣少食，百姓生活在水深火热之中，加之吴淞江下游河段，“日至潮泥，月有积累，日月继嗣，通道填淤”，而太湖又泄水不畅，遇上连雨年头，周围十万亩良田常被淹没，酿成大灾。海瑞认识到水患的严重性，提出“吴淞江一水，国计所需，民生攸赖，修之举之，不可一日缓也”，面对严峻的治水、救灾形势，他迎难而上，决计“救民于水火”，采取了“以工代赈”之法，按工发给灾民银两和口粮，将救灾和治水两相结合，抓到了点子上。治水工程启动后，饥民云集，“得食者气力倍增”，工程进度很快，按计划疏通了从上海南跑口至嘉定黄渡间一万四千丈之河道，又疏浚常熟的白茆河，变水害为利。这两项工程耗银六万八千余两，使“吴松江借饥民之力，而故道可通；民借银米之需，而荒歉有济，一举两得”。“以工代赈”，利在当前，功在长远，不仅解决了十几万灾民的吃饭穿衣问题，而且为日后该地区发展农业生产，战胜　嘉靖四十四年（1565）十月，在京任户部主事的海瑞上疏，论朝政得失，实则专论今上嘉靖帝朱厚熜本人失德荒政，即“直言天下第一事疏”。他指责皇上“崇信道术”、“亲昵后宫”、“大兴土木，劳民伤财”，国家已处于“吏贪将弱”，“民不聊生”的地步。其中有几句话直冲今上的肺管子：“嘉靖者，言家家皆净无资财用也”。这句话在民间流传，人人心知肚明，但官吏谁也不敢在朝堂上点明。海瑞则是官场中的另类，他敢于在奏疏里，让皇帝当面知道“民怨舆情”，皇帝有错国家才出现危象。

　　海瑞的胆识何来？他青年时即苦读《汉书》，崇尚汉代人汲黯的铮铮铁骨和刚直不阿的品格。入仕后他遇事师法汲黯，要做大明“鲠介之臣”。这个汲黯当年见到炙手可热的汉武帝宠臣田蚡与张汤时，一般朝官都跪叩请安，他却不行大礼，只施以拱手礼，足见气节。他死谏汉武帝时只要认准死理，而不顾及其他。常以先斩后奏的风格行事。如大灾之年，他开官仓赈济饥民，却敢拿自己的脑袋作抵押。汉武帝以小过欲杀长安县令，汲黯站出来说：应该先杀我！帝王面前无戏言。这是何等的勇气！汉武帝多次要派汲黯做地方官，他坚辞不就，理由一条，给的官位太卑微，不足以做大事情。弄得武帝没办法，只得给他大官做。汉武帝所以未杀汲黯，除他所言之事多为民请命外，无私利可图，不贪为宝。正是这种刚正清廉品格，汉武帝当众臣说：“甚矣，汲黯之憨也！”他却接话茬云：“天子置公卿辅弼之臣，宁令从谀承意，陷主于不义乎：且已在其位，纵爱身，奈辱朝廷何！”此话掷地有声，满朝堂的大臣听后各个汗颜。