针对这种情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，进而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。
　　
　　如果侵略军仍执迷不悟，则坚决予以翦灭。为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；屯戍要地，康熙二十一年（1682年）十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵1500人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点。
　　
　　这是因为黑龙江至外兴安岭地区距东北腹地遥隔数千里，同沙俄这样的入侵者斗争， 单靠当地人民的部落武装是无法制止其侵略的。必须筹划全边，扼要屯兵戍卫，在适当地点控制一定兵力作机动，才能对付沙俄飘忽不定的反复侵扰。为此，需要建立相当数量的驿站和粮站，开辟水陆交通线和筹集运输工具，从而保障反击作战的胜利，并在反 击胜利后建立一条较完整的边界防守线，才有利于长期的边防斗争。
　　
　　康熙二十二年（1683年）九月，清勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。侵略军不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略 军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年（1685 年）正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。
　　
　　四月，清军约3000人在彭春统率下，携战舰、火炮和刀矛、盾牌等兵器，从爱珲出发， 分水陆两路向雅克萨开进。五月二十二日抵达雅克萨城下，当即向侵略军头目托尔布津 发声通牒。托尔布津恃巢穴坚固，有兵450人，炮3门，鸟枪300支，拒不从命。清军于五月二十三日分水陆两路列营攻击。陆师布于城南，集战船于城东南，列炮于城北。二 十五日黎明，清军发炮轰击，侵略军伤亡甚重，势不能支。托尔布津乞降，遣使要求在 保留武装的条件下撤离雅克萨。经彭春同意后，俄军撤至尼布楚（今涅尔琴斯克）。清军赶走侵略军后，平毁雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。
　　
　　沙俄侵略军被迫撤离雅克萨后，贼心不死，继续拼凑兵力，图谋再犯。康熙二十四 年（1685年）秋，莫斯科派兵600增援尼布楚。当获知清军撤走时，侵略军头目托尔布津率大批沙俄侵略军再次窜到雅克萨。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。
　　
　　七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰 合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城 西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困近年，战死病死很多，826名侵略军， 最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，沙皇急忙向清请求撤围，遣使议定边界。清答应所 请，准许侵略军残部撤往尼布楚。雅克萨反击战结束后，双方于康熙二十八年（1689年） 七月二十四日缔结了《中俄尼布楚条约》，规定以外兴安岭至海，格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界。黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。