革命军攻占镇南关三个重要炮台后，中国税关长兼国境巡逻长吴喻扬，自行指挥巡逻队拥至那模村前面，想断掉革命军往河内的退路。结果，吴喻扬的计划被安南境内法方武装人员以侵犯边界为由阻止，化为泡影（事载1907年12月5日河内法文《东京日报》）。
革命军占领金鸡山三座炮台后，农民群众和散兵游勇纷纷前来投军，革命队伍迅速发展到四五百人。
三座炮台失守，清政府急忙给两广总督张人骏、广西巡抚张鸣岐拍发电令，限一星期内夺回炮台。电令说，若将炮台夺回，“当不次超擢”；否则，广西相关文武官员一律按军法从事。
张鸣岐因失职，受到了“交部严加议处”的处分。不过，老于世故的两位高官却向朝廷汇报，尽力推卸丢失炮台和进攻不利的责任。两人在奏电 称：“此次匪党千余，入手即据炮台，其志实不在小，军用品又极精利周备，即电光灯可以概见。右辅山本极险峻，易守难攻。匪之陷台也，据龙济光查复，匪于先数月遣三人应募为守台兵夫，匪至内应；又值是夜大雾，逻卒先为匪戕散，失之甚易；加以山南出为越境，接济既无从断，边军地远备多，兵力又难骤增。炮利台坚，亦无速克之理。”
二张强调客观原因，清军不得不等待时机。
赶到镇南关督战的陆荣廷，考虑到镇南关一带只有数百名部下，大炮也很欠缺，难以攻破金鸡山三座炮台，便固守镇南关本营，等待驻南宁的广西提督丁槐和驻龙州的太平思顺道道员龙济光率大队人马来援。
革命军也因一时没法扩大战果，同样焦急地盼望得到孙中山及同盟会河内分部的帮助。双方处于对恃状态。
十月廿七一大早，越南河内同盟会分部接到了镇南关起义爆发、革命军攻占炮台的电报后，孙中山、黄兴等人欣喜万分，决定立即赶赴战地督师，指导炮战。
孙中山早年说过一句话：“我只有一个宿望，就是入中华帝国最南角的镇南关，悬军万里，旌旗当当，贯通中华帝国的中部，而出中华帝国最北角的山海关。一出山海关，即可送却爱新觉罗帝的末路了。盖战破满洲或彼遁窜，非脱出此重关门不可。”
如今，革命军已经占领镇南关炮台，对孙中山等同盟会领导人而言，这一胜利大大缓解了数月来革命的颓势，不啻大旱时下了一场透雨。
原来，这年春夏之时，根据孙中山的指示，革命军在广东潮州黄冈、惠州七女湖相继起事。潮州起义“不旋踵而蹶”（孙中山语），惠州起义同样迅速归于失败。一时间，孙中山及同盟会在国际上的威信大受影响，号召力剧减。革命党陷于困境，万事不顺，辛苦筹得的经费接连打了水漂。更让人揪心的是，同盟会内部也发出了一些不团结的声音。好在后来发生了光复会的革命党人徐锡麟成功刺杀安徽巡抚恩铭、黄兴和胡毅生冒险到钦廉一带会同王和顺等发动起义并攻破防城两件事，才稍稍提振了革命党人的士气。
因此，孙中山很是看重镇南关起义。
