新世纪以来，植物考古学在中国得到快速发展，浮选法广泛普及，出土了大量的古代植物遗存，包括与农业起源研究相关的农作物遗存，使得学界对中国农业起源问题有了许多新的认识。

　　稻作农业起源研究中，最重要的考古新资料是出土于上山遗址的早期水稻遗存。位于浙江浦江的上山遗址是一处新石器时代居址，年代距今一万年前后。2004年伴随考古发掘，对其开展了浮选工作，从中发现了10余粒炭化稻米，从形态上观察属于栽培稻。另外，在出土陶片的断面上可以观察到残存的稻壳，说明上山先民在制作陶器时有在陶土中羼和稻壳的习惯。再有，在遗址中还发现了一些红烧土残块，土块内掺杂了大量的炭化稻壳，其原因尚不清楚。这些考古发现说明，早在距今一万年前后的上山遗址先民有可能已经开始种植稻谷。

　　农作物的栽培过程是在人类行为影响下植物的进化过程，在这个过程中，人类的行为是下意识的，仅仅是对植物自身产生遗传变异的客观选择。因此，当栽培作物如水稻刚出现时，人类不可能立即意识到这一植物新品种的生物特性，所以也就不会把它们当做农作物看待，即便实施了某种程度的种植活动，其主观目的也仅是为了增加自然生长的野生稻的数量。从严格概念上讲，这种人类行为还称不上稻作农业生产。

　　目前，中国发现最早的明显带有稻作农业生产特点的考古遗址是贾湖遗址。位于河南舞阳的贾湖遗址是一个早期村落遗址，年代距今9000—7800年。2001年伴随发掘开展浮选工作，出土了丰富的炭化植物遗存，包括可食用的植物遗存如水稻、莲藕、菱角、野大豆等。稻谷是栽培作物，属于农业生产的收获物，其他几种植物遗存从形态上分析都是野生品种，应该属于采集活动的获取物。根据量化分析，与采集获得的野生食物资源相比，水稻不具备明显的优势，说明稻谷在贾湖人的食物资源中并没有占主导地位。贾湖遗址还出土了大量的鱼骨和软体动物甲壳，说明渔捞业在贾湖人的经济生活中具有相当重要的地位。考虑到浮选出土植物遗存中的莲藕和菱角也是生长在水中的，贾湖人当时的食物来源应该主要是依靠野生的水生的动、植物资源。

　　综合以上因素分析，距今8000年前的贾湖遗址先民虽然实施了稻作生产，但其生业形态的主体却依然是采集渔猎，属于农业范畴的水稻种植和家畜饲养在当时仅是辅助性的生产活动。稻作农业的形成是一个渐变的过程，在这个过程的早期阶段，社会经济的特点应该表现为以采集狩猎（或采集渔猎）为主、以农耕生产为辅。贾湖遗址正是这一社会经济发展阶段的代表。

　　20世纪70年代发现的河姆渡遗址曾轰动国内外学术界。河姆渡遗址位于浙江余姚，年代距今7000—5800年间。由于遗址所在地域的地势低洼潮湿，为各种有机质遗物提供了良好的保存条件，因此，河姆渡遗址出土了包括稻谷在内的丰富的植物遗存。但是，水稻是否是河姆渡人的主要食物来源，稻作农业是否已经成为河姆渡人的生业主体，在当时仍然是值得探讨的学术问题。田螺山遗址为回答这些问题提供了机会。田螺山遗址也位于浙江余姚，与河姆渡相距仅7公里，文化内涵和年代基本一致，可以说，田螺山遗址几乎就是河姆渡遗址的翻版。在发掘过程中，采用了水筛和浮选等方法获取植物遗存，出土了菱角、栎果、芡实、葫芦籽、酸枣核、柿子核、猕猴桃籽，以及稻米和各种杂草植物种子。根据量化分析可以得出两点认识：其一，稻谷应该是田螺山人的主要食物资源之一；其二，稻作农业并没有完全取代采集狩猎成为田螺山人即河姆渡文化的生业主体，通过采集活动获得的野生植物，例如栎果、菱角等，仍然是当时重要的食物资源。