初到敦煌时，石窟的惨象令常书鸿倍感辛酸：许多洞窟已被曾住在里面烧火做饭的白俄军队熏成漆黑一片，一些珍贵壁画被华尔纳用胶布粘走，个别彩塑也被偷去；大多数洞窟的侧壁被王道士随意打穿，以便在窟间穿行；许多洞窟的前室都已坍塌；几乎全部栈道都已毁损，大多数洞窟无法登临。虽赖气候的干燥，壁画幸而仍存，但冬天崖顶积雪，春天融化后沿着崖顶裂隙渗下，使壁画底层受潮，发生起鼓酥碱现象。窟前绿洲上放牧着牛羊，林木岌岌可危，从鸣沙山吹来的流沙就像细细的水柱甚至瀑布一样，从崖顶流下，堆积到洞窟里，几十年来无人清理。总之，莫高窟无人管理，处在大自然和人为的双重破坏之中。

 

面对这种情况，常书鸿深感到自己肩上的任务沉重而艰巨，他暂时放弃了画画，义无反顾地干起了既非艺术又非研究的石窟管理员工作。

 

首先要做的事是修建一道围墙，把绿洲围起来，禁止人们随便进入，破坏林木和进出洞窟。没有经费来源，常书鸿不断地给国民政府打报告，可是半年过去了，经费仍毫无音信。常书鸿只好给梁思成发去电报，请他代为交涉。第三天就接到回电，告知“接电后，即去教育部查询，他们把责任推给财政部，经财政部查明，并无国立敦煌艺术研究所的预算，只有一个国立东方艺术研究所，因不知所在，无从汇款。”显然，是财政部的官员不知道“敦煌”为何物，把它误为“东方”了。经过梁思成的奔走，经费终于汇出。梁思成还鼓励常先生继续奋斗，坚守敦煌。这对于工作人员情绪的稳定，起了很大作用。

 

洞窟里面的沙子大约有10万立方米，如要清扫，按照当时的工价，需要300万元，但所里剩下的经费只有5万元了，幸而得有当地驻军义务参加清运，才把这么多的沙子清除了，用驴车拉到远处。

 

在崖顶有裂隙的地方抹上了泥皮和石灰，防止雪水继续渗入。他们还尽可能地修补那些已颓圮不堪的残余栈道，以便研究人员可以进入洞窟，开始了洞窟的编号和普查，逐渐开展了重点壁画的临摹。但多数洞窟当时还是上不去，他们就使用一种相当危险的名为“蜈蚣梯”的独木梯。在调查南部位在高处的一座晚唐洞窟第196窟时，常书鸿与潘絮兹、董希文和工人窦占彪上去工作，蜈蚣梯却不知什么时候翻倒了，他们上不着天，下不着地，被困在距地近三十米高的洞窟中。他们试图沿着七八十度的陡崖往上爬上崖顶，却险些摔下山崖。后来还是窦占彪一个人先爬了上去，再用绳子把他们一个个吊上去，才脱离险境。

 

生活是异常艰辛的，连最基本的生活物资都时常发生困难。久居法国，常书鸿特别喜欢喝咖啡，甚至从法国带回国的咖啡壶，也带到敦煌去了，可是他只能喝又苦又咸的咖啡，因为没有糖，而水却是咸的。不用放盐，熬的粥也是咸的。尤其是夏天，下午的溪水经过一上午阳光暴晒，盐分更大。那时敦煌的老百姓先要解决主粮的生产，很少种植蔬菜，成年都是吃咸韭菜。常书鸿一行初到敦煌的时候，刚好闹过一场马步芳部队四乡抓壮丁的动乱，街上的铺面都关门了，他们在敦煌城的第一顿饭就是面条拌盐和醋，加上一些咸菜。水质不但含盐，含碱量也很大，醋是每天不能少的。

 

肉食要从城里买来，来回五十几公里，牛车要走12个小时，加上戈壁滩上太阳一晒，肉往往也就臭了，豆腐也酸了，所以只能在冬天把肉腌起来。

 

因为缺乏燃料，要从好几十里以外的戈壁滩上挖取一种叫做“梭梭”的枯死灌木树根来烧，所以举火一次，就要蒸够吃半个月的馒头。新蒸的馒头一出笼，立刻铺在笸箩里放到房顶上让太阳暴晒，干透了可以保存两三个月。大米是从内地运来的，很少。连“洋火”也是从内地运来的，据说当时一盒“洋火”可以换到一斗麦子。口粮不充裕，除了农忙以外，一般的日子里一天只吃两餐。

 

宿舍和办公室是小庙的土屋和由马棚改造的房子，土炕、土桌子、土沙发和土书架，是最常见的家具。

 

刚来时，常书鸿的主要交通工具就是牛车，后来有了两头驴，可供人骑。后来敦煌县政府破获了一个贩毒案，没收了犯人的一匹马，送给了常书鸿。直到1950年才有了一辆敞篷卡车，所里人可以在大冬天裹着皮大衣进城看电影了。